A origem do município de São José da Lapa está ligada à história de Vespasiano que o tinha como um de seus distritos até a década de noventa, vindo a emancipar-se em 1992. O município surgiu com a fundação de um povoado no final do século XIX, quando Joaquim de Souza Menezes, considerado o fundador, casado com Maria Joaquina Dias da Cunha, veio para a localidade como primeiro proprietário das terras, que estendia até às pedreiras. Terras estas adquiridas do Rei de Portugal, quando recebeu o documento denominado Carta de Sesmaria. Manoel Dias da Cunha era casado com Ana dos Santos Ferreira. No local havia grandes pedreiras onde ele fazia constantes visitas juntamente com sua esposa e assim tomou posse das terras, ainda inculta e por volta de 1870 construiu a sede da fazenda à margem direita do córrego.
Na mesma época construiu uma capelinha, onde hoje é o Jardim da Praça Dumas Chalita, no centro da cidade e gradativamente, foram sendo vendidas pequenas áreas, perto da capela, dando origem ao povoado. Antes, porém, em 1840, João dos Santos Ferreira adquiriu terras no local onde hoje é conhecido por Várzea do Pari, entre Perobas e Nova Granja. Daí várias pessoas foram adquirindo terras, como João Caetano Alves de Deus, casado com Maria Rattaux Foreaux no local denominado Nova Granja.
As primeiras famílias que chegaram para ocupar o povoado foram: Menezes, Dias, Souza, Costa, Ferreira, Santos, Silva, Gonçalves. Mais tarde foram chegando: os Marques, Siqueira, Gomes, Guimarães, Alves Pereira e Lopes, dentre outros que vieram na época da exploração das pedreiras.
Sua primeira denominação Povoado das Carrancas se deu em razão de as primeiras famílias que aqui chegaram compararem a pedreira, com suas pedras escuras e de vários formatos, às figuras que eram colocadas na proa dos barcos dos antigos navegadores, para espantarem os monstros dos rios.
No final dos anos 40 foram instaladas no distrito de São José da Lapa, a Indústria de Calcinação (ICAL) e, anos mais tarde, a Cia. de Cimento Itaú. O setor produtivo do município baseava-se na extração mineral, em cuja atividade industrial se destaca a produção de cal e cimento pelas empresas citadas acima.
O nome de São José da Lapa surgiu de uma figura parecida com a imagem do santo, formada pelas águas que escorriam do paredão da pedreira e foi oficializado pelo maestro Dumas Chalita em julho de 1953.
Em 13 de maio de 1975, o povoado foi elevado à categoria de Distrito, pela Lei Estadual nº 6.769. Em 1992 o Distrito foi transformado em Município pela Lei Estadual nº 10.704 de 27 de Abril. O primeiro Prefeito nomeado interinamente pelo Governador do Estado de Minas Gerais foi o Senhor Lúcio Molinari, que administrou São José da Lapa do dia 27 de Abril a 31 de Dezembro de 1992. O Município foi administrado ou governado pelos senhores Prefeitos e Vice-Prefeitos respectivamente, onde concorreram as eleições Municipais, a saber:
Intendente, Prefeito, Superintendente ou Agente Executivo eram as denominações recebidas pelo órgão executivo até o início do século. O nome “prefeito” foi regulamentado pela Constituição de 1934 perdurando como designação como chefe do executivo.
No âmbito empresarial e econômico a cidade até o ano de 2003, caracteriza-se pela exploração da mineração (Ical e Belocal antiga Cia Portland Itaú – Grupo Votorantim), agropecuária e pela atividade comercial. Foi a partir deste ano, que o Município desenvolveu uma outra vocação industrial, tornando-se pólo de laboratórios farmacêuticos, para abastecimento de medicamentos na Região Sudeste. A comunidade lapense também é lembrada por sua generosidade, cordialidade e hospitalidade.